LA DIRECCIÓN DE AUDITORÍA INTERNA del Ministerio de Educación Pública fue creada mediante Decreto Ejecutivo 19994 del 26 de octubre de 1990, pero no fue hasta 1999 que se le crearon plazas, entre ellas las de Auditor y Subauditor y se estableció como actividad presupuestaria.

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La Dirección de Auditoría Interna, por disponerlo así la Ley Orgánica de la Contraloría General de la República y la Ley General de Control Interno, forma parte del Sistema de Fiscalización Superior de la Hacienda Pública.

Visión
Ser un órgano con impacto real en el desarrollo estratégico del ministerio y las instituciones sujetas a su competencia.

Misión
Somos un órgano fiscalizador y asesor que proporciona un servicio oportuno, integral y con una actitud proactiva en materia de control gerencial y operativo, mediante investigaciones y evaluaciones de carácter interdisciplinario, para generar valor agregado en el cumplimiento de los objetivos institucionales.

Objetivo Estratégico
Valorar el sistema de control interno a nivel institucional para procurar su mejora continua.

Objetivos Específicos
-  Generar informes que impacten
-  Mejorar cobertura
-  Mejorar atención al usuario
- Tener un adecuado ambiente de control interno
- Tener personal capacitado