El Departamento de Educación Religiosa integra la acción de la Iglesia y del Estado en la dirección, orientación y coordinación de la Educación Religiosa en todos los ciclos, niveles y modalidades del sistema educativo costarricense. Son funciones del Departamento de Educación Religiosa

• Proponer a la Dirección las políticas curriculares para el funcionamiento de la Educación Religiosa, con el fin de que sean sometidas a consulta de las autoridades superiores y presentadas al Consejo Superior de Educación (CSE) para su autorización.
• Proponer a la Dirección las directrices curriculares nacionales para el desarrollo de la Educación Religiosa.
• Diseñar y evaluar los programas de estudio de Educación Religiosa y someterlos a consulta de las autoridades superiores, con el fin de que sean presentadas al CSE para su autorización.
• Formular propuestas innovadoras para el mejoramiento de la Educación Religiosa.
• Elaborar recursos didácticos para el desarrollo curricular de la Educación Religiosa, incorporando las modernas tecnologías de la información y la comunicación (TIC´s).
• Llevar a cabo procesos de investigación, evaluación y sistematización sobre los diferentes aspectos relacionados con la Educación Religiosa, para orientar la toma de decisiones, de conformidad con lo establecido por el CSE.
• Brindar asesoría técnica para el desarrollo de la Educación Religiosa, en el nivel regional.
• Formular, en coordinación con el Departamento de Evaluación de los Aprendizajes, directrices curriculares para la evaluación de los procesos de aprendizaje en Educación Religiosa, de conformidad con la normativa vigente.
• Proponer a la Dirección las políticas de articulación y correlación entre las distintas asignaturas, ofertas, ciclos, niveles y modalidades del sistema educativo, sobre la base de lo autorizado por el CSE.
• Formular propuestas tendientes a la sensibilización e incorporación de la comunidad y la familia en los procesos educativos.
• Presentar las propuestas para su nombramiento interino y dar visto bueno a los traslados, del personal de Educación Religiosa, ante la Dirección de Recursos Humanos del MEP y sus instancias nacionales y regionales.
• Otras funciones relacionadas, asignadas por el superior jerárquico.